Gli organismi anaerobici sono totalmente opposti agli organismi aerobici, non usano l'ossigeno biatomico per la crescita, il metabolismo e la differenziazione, questi lavorano con composti diversi, dando luogo a una sottoclassificazione se detti microrganismi lavorano con un composto chimico chiamato piruvato dice la sua Il metabolismo è fermentativo (usano la fermentazione), d'altra parte, è un'altra sostanza diversa dal piruvato se dice che è un organismo che pratica la respirazione anaerobica.
La fermentazione consiste nell'ottenere energia chimica da un processo catabolico e dall'ossidazione incompleta o incompleta di un composto organico, in base al suo prodotto finale può essere classificato in fermentazione alcolica poiché genera etanolo, la fermentazione lattica produce acido lattico, fermentazione butirrica, tra gli altri; da parte sua, le respirazioni anaerobiche consistono in una catena di trasporto di elettroni solitamente simile a quella della respirazione aerobica ma invece dell'accettore finale è l'ossigeno, in questo caso si tratterebbe di un qualsiasi composto di natura inorganica.
Così come ci sono batteri aerobici, esistono anche batteri anaerobici che possono vivere senza ossigeno, alcuni di essi si trovano all'interno del corpo umano in luoghi dove non c'è presenza di ossigeno, come nell'intestino crasso dove funzionano come batteri putrefattivi. La materia fecale, in base alla sua resistenza all'ossigeno, può essere classificata come: batteri anaerobici obbligati , questi non possono crescere in zone dove c'è presenza di ossigeno poiché è nocivo e può causarne l'annichilazione, i batteri aerotolleranti non useranno mai l'ossigeno per i loro processi metabolici ma può vivere in ambienti ossigenati, anaerobi facoltativipossono usare l'ossigeno come accettore finale di elettroni ma se si trovano in ambienti dove non c'è ossigeno usano il percorso di fermentazione.
