Catacombe sorsero in riferimento alle Catacombe di Roma, nome originariamente dato ad un antico cimitero situato non lontano dalla via Appia. Il Cimitero degli Innocenti (vicino a Saint-Eustache, nella zona di Les Halles) era stato in uso per quasi dieci secoli, ed era diventato una fonte di infezione per la gente del posto. Dopo numerose denunce, il Consiglio di Stato decise, il 9 novembre 1785, di vietare il successivo utilizzo del Cimitero degli Innocenti ed eliminarne il contenuto.
Le cave dismesse furono scelte per ricevere i resti; la città di Parigi aveva appena completato un sopralluogo generale delle cave per rafforzare le strade pubbliche da esse minate. I lavori di costruzione sono stati eseguiti nella cava “Tombe-Issoire”, utilizzando grossi quantitativi di pietra, rafforzando le gallerie e completando con lo scavo una scala, fiancheggiata da una fossa nella quale si potevano gettare le ossa.
Il trasferimento delle spoglie potrebbe iniziare dopo la benedizione e la consacrazione del sito il 7 aprile 1786, e proseguire fino al 1788, sempre all'imbrunire e dopo una cerimonia in cui una processione di sacerdoti in cotta intonava il servizio dei defunti. sulla strada dai carri carichi di ossa, che erano coperti da un velo nero. Poi, fino al 1814, il sito ha ricevuto i resti di tutti i cimiteri di Parigi.
Ci sono stati altri motivi che hanno portato alla scelta degli scavi sotterranei. Nei cristiani il senso di comunità era vissuto con grande forza: volevano anche stare insieme nel “ sogno di morte ”.
Secondo la legge romana era vietata la sepoltura dei defunti all'interno delle mura cittadine, tutte le catacombe erano situate lungo le grandi vie consolari e, in generale, nei sobborghi dell'epoca.
Le Catacombe di Parigi sono state riaperte il 14 giugno 2005, dopo diversi mesi di chiusura per la costruzione. L'illuminazione è stata regolata, le volte rinforzate e le pareti ossee riposizionate.